Московский в честь иконы Божией матери "Знамение" монастырь (ныне Патриаршее подворье), находится в Москве на ул. Варварке.
Основан в 1631 г. на Государевом дворе после кончины великой старицы Марфы, матери царя Михаила Феодоровича Романова. В XVI в. этот двор принадлежал Никите Романовичу Захарьину-Юрьеву и его сыну Федору Никитичу Романову (впосл. патриарху Московскому и всея Руси Филарету). Буд. царь Михаил Феодорович родился, вероятно, в палатах на этом дворе. После воцарения Михаила Феодоровича в 1613 г. двор на Варварке стали называть старым государевым двором или старым государевым патриарховым двором (Забелин. 1884. Ч. 1. Стб. 406). Здесь разместилась вотчинная контора старицы Марфы и была построена каменная ц. в честь иконы Божией Матери «Знамение». 24 сент. 1631 г. патриарх Филарет повелел протопопу Иакову передать Знаменскую ц. игум. Герасиму, что можно считать датой основания мон-ря (Сергий (Спасский). 1866. С. 1. 2-я паг.). Мон-рь был устроен для вечного поминовения «прародителей» династии Романовых. В лит-ре встречалась более ранняя датировка основания М. З. м., якобы посвященного рождению наследника престола, будущего царя Алексея Михайловича Романова (1629), однако эта датировка документально не подтверждена.
Знаменская ц., а затем и мон-рь заняли высокое положение в иерархии мон-рей. В 1615/16 г. в церкви служил протопоп с большим клиром. В Уложении 1649 г. М. З. м. был помещен на 19-е место (Гл. 10. Ст. 50), в списке монастырей «московской степени» он занял в 1670 г. 7-ю и в 1674 г. 10-ю степени (Румянцева. 1997. С. 96). В 1684 г. мон-рю была дарована архимандрития. В 1764 г. он был отнесен к 3-му классу, хотя и назван первым среди 3-классных мон-рей. В XVIII в. М. З. м. утратил свое значение ктиторской обители династии Романовых. После Отечественной войны 1812 г. мон-рем вновь стали управлять архимандриты.
Первоначально монастырь ограничивался территорией двора Романовых, к-рый находился на углу ул. Варварки и Псковского пер. и включал 2 каменные палаты и Знаменскую ц. На протяжении XVII в. мон-рь занял всю территорию квартала, окруженного ул. Варваркой, Псковским, Б. и М. Знаменскими переулками.
Наиболее важные этапы развития архитектурного ансамбля были связаны с восстановлением мон-ря после пожаров 1668 и 1737 гг. По словам настоятеля игум. Арсения, от пожара 1668 г. «монастырь Знаменский со всеми монастырскими службами и с запасы и на церквах кровли обгорели и... государское строенье палаты от ветхости и от огня развалились» (Сергий (Спасский). 1866. С. 15. 1-я паг.). Основным вкладчиком М. З. м. стал боярин И. М. Милославский, к-рый продал в 1674 г. родовую вотчину Ф. Я. и Г. Я. Милославских и передал 2 тыс. р. мон-рю (РГАДА. Ф. 233. Д. 681. Л. 234; РИБ. Т. 21. Стб. 375). В 1674 г. думный дворянин П. К. Елизаров уступил монастырю свой кирпичный завод в Н. Садовниках (Забелин. 1891. Ч. 2. С. 666-669). Тогда же Даниловский кирпичный завод монастырь взял в аренду и в течение 10 лет возвел весь ансамбль: собор, настоятельский и братский корпуса, казначейский корпус (палаты бояр Романовых), св. ворота и ограду. Во время пожара 1737 г. «во оном Знаменском монастыре, кроме святых церквей все выгорело и погорело» (Он же. 1884. Ч. 1. Стб. 410). В связи с недостатком материальных средств процесс восстановления архитектурного ансамбля затянулся на мн. годы и завершился только к кон. 80-х гг. XVIII в.
Совр. вид территория М. З. м. приобрела в результате реконструкции Зарядья в 40-60-х гг. XX в., когда была полностью уничтожена застройка монастырской территории по Елецкому (Б. Знаменскому) и частично по Максимовскому (М. Знаменскому) переулкам.
До основания мон-ря близ т. н. государева двора стояла каменная ц. в честь иконы Божией Матери «Знамение» с приделами Благовещения Пресв. Богородицы и св. Никиты Мидикийского, небесного покровителя Н. Р. Захарьина-Юрьева. Архим. Сергий (Спасский) датирует строительство храма 2-й пол. XVI в. Строительные работы в храме велись в 1614 и 1617 гг. Из описи 1631 г. следует, что храм был ктиторским: небесный покровитель царя Михаила Феодоровича прп. Михаил Малеин был изображен «в приписи» к храмовой иконе и находился в одном киоте с местным образом Всемилостивого Спаса (Сергий (Спасский). 1866. С. 2-3. 2-я паг.). До 1658 г. Никитский придел был упразднен.
При строительстве нового собора в честь иконы Божией Матери «Знамение» в 1679-1684 гг. своей благословенной грамотой патриарх Московский и всея Руси Иоаким дал разрешение разобрать старый храм, однако его сохранили и переосвятили пределы: один - в честь Благовещения Пресв. Богородицы, другой - в честь Тихвинской иконы Божией Матери. В 1732 г. к храму пристроили трапезную и использовали его на протяжении XVIII в. как больничный. В 1782-1783 гг. Благовещенская ц. была разобрана.
Новый Знаменский собор был построен на месте каменной ц. во имя прп. Афанасия Афонского (1631). По мнению архим. Сергия (Спасского), для заказчиков было важно, что прп. Афанасий Афонский был учеником и пострижеником прп. Михаила Малеина. Церковь возвел Каменный приказ, в связи с чем патриарх Московский и всея Руси Филарет наградил 30 сент. 1631 г. руководителей приказа дворянина С. И. Исленьева и дьяка Н. Леонтьева (РИБ. Т. 3. Стб. 952-953, 967). 26 сент. 1631 г. он вложил в новый храм Евангелие и передал ему ткань для изготовления покровов на престол (срачицы и индитии), покровцов и воздуха (Там же. Стб. 904, 956, 959-961, 965).
В июне 1679 г. И. М. Милославский заключил договор подряд с зодчими - крестьянами с. Деево Городище Костромского у. Федором Григорьевым Медведевым и Григорием Анисимовым с артелью на строительство новой соборной церкви. В связи с болезнью заказчика с 1683 г. собор достраивал родственник Милославского боярин кн. В. Ф. Одоевский.
Слабость грунта и особенности архитектурного замысла потребовали применения сложных технических решений: под фундамент было вбито более 2,5 тыс. свай, стены сузили кверху. Храм стал 4-столпным с декоративными закомарами, однако внутри четверик не имел столбов и был перекрыт сомкнутым сводом, прорезанным световой центральной главой. Фасады украшал скромный кирпичный декор. Смещение грунта в сторону р. Москвы требовало регулярных ремонтно-строительных работ, к-рые проводились начиная с 1695 г. В 1865 г. юж. стену укрепили контрфорсами, произвели др. работы.
В верхней холодной Знаменской ц. установили иконы из старой одноименной церкви. Иконостас был создан на вклады патриаршего дьяка Д. С. Дятловского, торгового человека С. Ф. Кудрявого, Т. И. Второвой и др. 27 июля 1684 г. верхний храм освятил патриарх Иоаким в присутствии царя Иоанна Алексеевича, царицы Прасковьи Феодоровны и царевен. Внутреннее убранство храма неоднократно обновлялось. В 1843-1844 гг. П. З. Миронов переделал иконостас, сохранив иконы, царские врата и несколько колонн. Раннюю роспись храма выполнили А. Иванов и С. Дмитриев в 1740 г. (фрагменты росписи сохр.). В 1782-1783 гг. четверик был украшен лепными розетками, изготовление которых связывают с кругом архит. М. Ф. Казакова (Казакевич. 1977. С. 143), а в 1813 г.- росписью худож. А. С. Волкова, к-рая впосл. неоднократно поновлялась.
Нижний теплый храм был посвящен прп. Афанасию Афонскому. Апсида храма была переложена в 1769-1770 гг. В храме сменилось неск. иконостасов: в XVII в., 1777, 1822-1823, 1853 гг. Роспись была создана в 1778-1779 гг., с 20-х гг. XIX в. неоднократно поновлялась. По возобновлении нижнего храма в 1813 г. он был переосвящен во имя прп. Сергия Радонежского. В трапезной части храма в 1752 г. был устроен придел во имя свт. Николая Чудотворца.
С 2 сторон собор окружен 2-ярусной крытой галереей-папертью. В юго-западном углу находилась шатровая колокольня, разобранная в 1782-1783 гг. из-за осадки фундамента. На галерее была устроена ризница, а в сев.-вост. углу - придел во имя прп. Михаила Малеина (1910). Место для этого придела И. М. Снегирёв предложил в 50-х гг. XIX в., во время реставрации палат бояр Романовых (Памятники. 2002. С. 167). К празднованию 300-летия дома Романовых в 1913 г. собор был отремонтирован.
Ансамбль М. З. м. включал 2 палаты, принадлежавшие Романовым,- «на верхних погребах» у Варварки и «на нижних погребах» - к югу от них. Сохранились только первые. Нижний этаж построен в кон. XV- нач. XVI в., остальные этажи неоднократно перестраивались, особенно после пожара 1668 г. 6 апр. 1674 г. подмастерье каменных дел М. Алексеев был нанят для их разборки и строительства новых 2-этажных палат и крыльца трапезной. В авг. того же года палаты были готовы. В них размещались казенные кельи и палаты, сушило, кладовые и погреб. В дальнейшем палаты неоднократно ремонтировались и перестраивались. В 1752-1762 гг. здесь проживал на покое Тифлисский митр. Афанасий (Амилахвари), с того времени палаты стали называть архиерейскими. После 1762 г. здание сдавалось в аренду, за исключением короткого периода после освобождения Москвы в 1812 г., когда там проживал Московский архиеп. Августин (Виноградский).
Во время коронационных торжеств 1856 г. служащий Имп. Эрмитажа Б. В. Кене обратил внимание имп. Александра II Николаевича на палаты, и 26 авг. 1856 г. царь подписал указ об их возобновлении. Мон-рь был готов безвозмездно передать палаты в Дворцовое ведомство, но в 1857 г. имп. Александр II пожаловал мон-рю за них 20 тыс. р. Для реставрации палат была организована ученая комиссия в составе кн. М. А. Оболенского (руководитель), Снегирёва, Ф. Ф. Рихтера, А. Ф. Вельтмана, Кене и А. А. Мартынова. Рихтер предложил провести научную реставрацию, восстановив подлинные фрагменты здания. 2 мая 1858 г. проект реставрации был утвержден. В присутствии имп. Александра II Московский митр. Филарет (Дроздов) совершил 30 авг. 1858 г. закладку палат, а 22 авг. 1859 г.- освящение и открытие музея. Восстановленные палаты стали памятником не только правления династии Романовых, но и коронации имп. Александра II. Сев.-вост. угол мон-ря с палатами и служебным корпусом был отделен от монастырской территории стеной. Музей внутри палат в 1923 г. стал филиалом Оружейной палаты, а в 1932 г.- филиалом ГИМ.
В 1676-1677 гг. был выстроен 2-этажный корпус с игуменскими покоями в зап. части и кельями для рядовых монахов в вост. части М. З. м. Здание имело традиционную для XVII в. секционную планировку: каждая пара келий выходила в общие сени. Второй этаж был перекрыт балками, а не сводами. В сени 2-го этажа вели наружные лестницы. Здание неоднократно ремонтировалось и перестраивалось, а в 1784-1785 гг. было расширено в сторону ул. Варварки. В 1908 г. настоятельский и братский корпуса были надстроены по проекту архит. Н. Н. Благовещенского.
Св. ворота с братским корпусом находились со стороны М. Знаменского пер. Вместо деревянных ворот в 1678 г. были выстроены каменные. Архиеп. Гавриил (Русской), живший в кельях у св. ворот, в 1751 г. пристроил к надвратной палатке апсиду и устроил для себя домовую ц. во имя ап. Иакова. Впосл. в ней также служил архиеп. Лев (Юрлов). В 1784 г. св. ворота были разобраны, а на месте прилегавшего к ним корпуса в 1784-1789 гг. выстроены новые св. ворота с колокольней и 2 братскими корпусами, северным и южным. В 1813 г. архит. Д. Ф. Борисов подготовил проект перестройки колокольни, но он не был осуществлен. Первоначально М. З. м. был окружен деревянной оградой. Строительство каменной ограды было начато в 1677 г. на вклады царской семьи, И. М. Милославского и др. жертвователей. На протяжении XVIII в. ограда неоднократно перестраивалась. В результате застройки периметра мон-ря значительная часть ограды была снесена в кон. XVIII-XIX в.
Трехэтажные палаты «на нижних погребах», принадлежавшие боярам Романовым, располагались к югу от ц. прп. Афанасия Афонского. В них размещались братские и больничные кельи, квасоварня, хлебная палатка, поварня, погреб. Палаты неоднократно ремонтировались, в 1769 г. были разобраны. К востоку от палат бояр Романовых, «на верхних погребах», зодчий И. Иванов выстроил в 1684 г. 2 палатки с сенями, к-рые использовались для сдачи внаем. После их разборки этот участок вновь застраивался в 1769 г., а в 1858 г. был окончательно расчищен, за исключением одного здания, перестроенного в 1858-1859 гг. под нужды музея.
Со стороны Б. Знаменского пер. находились конюшенный двор, кузница, здания для монастырских слуг. В 1825-1827 гг. на этой территории были выстроены 2 корпуса, разделенные воротами и часовней, позже перестроенной по проекту архит. А. А. Латкова. Участок на углу ул. Варварки и М. Знаменского пер. застраивался в кон. XVII в. и в 1784 г. Располагавшиеся здесь здания, как правило, сдавали в аренду.
Памятники церковных древностей, хранившиеся в М. З. м., связаны с родом Романовых. Со времени основания обители в Знаменском соборе находилась икона Божией Матери «Знамение», считавшаяся домашним образом Романовых. После закрытия храма ее оклад поступил в Оружейную палату. Перед иконой стояла лампада, изготовленная в 1622/23 г. «повелением великие государыни инокини Марфы Иоанновны за многолетное здравие сына своего великого государя царя и великого князя Михаила Феодоровича всеа Русии самодержца» (Сергий (Спасский). 1866. С. 3. 2-я паг.). Среди ранних романовских вкладов в мон-рь: риза - вклад царя Михаила Феодоровича и инокини государыни Марфы в 1616/17 г., крест воздвизальный - вклад инокини Марфы в 1622/23 г. Ряд вкладов царская семья сделала в 1684 г., среди них - архимандричья шапка (вклад царей Иоанна и Петра Алексеевичей), крест воздвизальный (вклад царевны Татианы Михайловны в память о царевне Ирине Михайловне), блюдо (вклад царей Иоанна и Петра Алексеевичей, царевны Татианы Михайловны в память об Ирине Михайловне).
В М. З. м. было сделано много частных поминальных вкладов, в т. ч. от настоятелей мон-ря, иером. Епифания (Славинецкого), иконописца Симона Ушакова, Г. Я., Ф. Я. и И. М. Милославских, боярина С. И. Заборовского, думного дьяка И. С. Горохова, дьяка Посольского приказа В. И. Бобинина, полковника А. М. Кравкова, князей Голицыных и др. В 1789 г. в М. З. м. поступили облачения и утварь из упраздненной ц. Воскресения Христова в Булгакове. Бо́льшая часть церковных древностей была утрачена во время оккупации Москвы армией Наполеона в 1812 г., когда оставшиеся в мон-ре ценности были захвачены, а иконы использовались вместо дров. Из ранних частных вкладов сохранились только лампада «в поминовение души иеромонаха Епифания Славяницкаго», вклады Кравкова и неск. вкладов XVIII в. (Там же. С. 49-50. 1-я паг.).
В мон-ре имелась б-ка богослужебной и аскетической лит-ры. Самые ранние книги - рукописная Кормчая XVI в., московские и киевские издания 20-х гг. XVII в. (Псалтырь, «Беседы на Деяния св. апостол», «Лимонарь», «Поучения аввы Дорофея»). В РГАДА сохранился архив М. З. м. благодаря тому, что он был спрятан в одной из ниш ризницы и обнаружен только в 1865 г.
Наиболее торжественно в мон-ре отмечался праздник в честь иконы Божией Матери «Знамение», 27 нояб. (Там же. С. 17-18. 1-я паг.). В этот день богослужение совершалось во всех храмах, расположенных рядом с московскими дворами Романовых. М. З. м. посещали патриарх «с властями» и царская семья. Совершались всенощное бдение, литургия и молебен. Царское место устраивалось в Благовещенском приделе. После богослужения монастырь подносил всем членам царской семьи, патриарху, царским и патриаршим боярам и др. лицам иконы «Знамение» со святой водой в вощанках. Стол устраивался на государевом дворе в Кремле, а в мон-ре накрывали др. стол, для государевых и патриарших певчих. В знак признательности имп. Александру II за пожалование мон-рю 20 тыс. р. было учреждено празднование 12 июля, дня памяти прп. Михаила Малеина, небесного покровителя царя Михаила Феодоровича. В этот день в мон-ре совершали панихиду «по родоначальнике и других особах державного рода», архиерейское богослужение и молебен о здравии имп. Александра II и «всей высочайшей фамилии».
Первоначально мон-рем управляли игумены с келарем, казначеем и собором старцев, однако в кон. XVII в. соборные старцы не упоминаются, а с 1760 г. упразднена должность келаря. Из настоятелей наибольший вклад в строительство обители внесли игумены Герасим (1631-1649) и Арсений (1666-1682). При освящении в 1684 г. нового соборного храма патриарх Московский и всея Руси Иоаким возвел игум. Евфимия (1682-1697) в сан архимандрита и даровал обители архимандритию.
В сер. XVIII в., при настоятелях архим. Николае (1738-1741, 1741-1768) и архиеп. Иосифе (Квабулидзе; 1741), при обители сформировалась груз. община.
После реформы 1764 г. мон-рь как принадлежащий к 3-му классу был лишен архимандритии. Игуменами чаще всего назначались префекты и ректоры московских духовных школ, в т. ч. проповедник Славяно-греко-латинской академии Макарий (Сусальников; 1779-1782), префект академии Иннокентий (Полянский; 1782-1783), префект Перервинской ДС Ириней (Клементьевский; 1783-1784), префекты академии Моисей (Гумилевский; 1784-1788) и Геннадий (Шумов; 1808-1810). Префект Перервинской ДС Иннокентий (Смирнов), возглавлявший мон-рь в 1810-1812 гг., был возведен в сан архимандрита в 1812 г., после назначения бакалавром в СПбДА по кафедре церковной истории, для «вящшаго поощрения его к усердному продолжению служения». За исключением инспектора МДС игум. Феоктиста (Орловского; 1817), с этого времени настоятелями были архимандриты: префект МДА Парфений (Чертков; 1813-1814), ректор Вифанской ДС и Московского уездного ДУ Неофит (Докучаев-Платонов; 1814-1816), ректор Заиконоспасского ДУ Аполлос (Алексеевский; 1816-1817), инспектор МДА Евлампий (Пятницкий; 1830-1831), инспектор МДА Платон (Казанский; 1831-1833), ректор Вифанской ДС, позже МДС Леонид (Краснопевков; 1850-1854), ректор Вифанской ДС, позже Московской ДС Игнатий (Рождественский; 1859-1863), инспектор, впосл. ректор Вифанской ДС и МДС Сергий (Спасский; 1863-1872); инспектор Вифанской ДС Кирилл (Орлов; 1872-1880).
Со 2-й пол. XIX в. из числа настоятелей часто избирались викарные епископы, в т. ч. архим. Кирилл (Орлов) и Макарий (Троицкий) были хиротонисаны в викарии Воронежской епархии, архим. Модест (Никитин) - в викарии Московской епархии. Среди настоятелей были переводчик игум. Софроний (Младенович; 1770-1776), переводчик архим. Гавриил (Альбицкий-Игнатьев; 1821-1825), духовный писатель и проповедник архим. Митрофан (Воронцов; 1839-1845), христ. философ архим. Серапион (Машкин; 1897-1900).
До основания мон-ря в храме в честь иконы Божией Матери «Знамение» на старом государевом дворе служил большой клир. Возможно, священником этого храма был поэт Савватий (с 1634 справщик Московского Печатного двора).
В XVII в., в период наибольшего расцвета М. З. м., численность братии превышала 40 чел., напр., в 1669 г. здесь проживали игумен, 5 иеромонахов, 2 иеродиакона и 41 монах, а в 1677 г.- игумен, 4 иеромонаха, 2 иеродиакона и 34 монаха (РИБ. Т. 23. Стб. 12; ДАИ. Т. 9. С. 320). С больничными и посельскими старцами, управлявшими монастырскими вотчинами, число монашествующих достигало почти 70 чел. (Сергий (Спасский). 1866. С. 17. 1-я паг.). Среди братии заметное место занимали люди, близкие к царскому двору. В XVII в. в обители приняли монашество думный дворянин Б. И. Лихарев (в постриге Боголеп), родственники государева иконника Симона Ушакова, дьяки П. Д. Швартов и К. Л. Жуков. Возможно, пострижеником обители был иконописец Иосиф Владимиров (Казакевич. 2006. С. 105).
В 1701 г. численность братии была ограничена 34 монахами и 9 слугами. В 1725 г. в обители проживали 28 монахов, в 1737 г.- 21, в 1741 г.- 23, в 1742 г.- 12 монахов. Свободные «братские порции» передавались проживающим в мон-ре на покое священнослужителям, отставным и увечным солдатам, высылаемым в мон-рь под надзор лицам. После 1764 г. штат мон-ря составлял 12 чел., включая 8 церковнослужителей. В то же время мон-рь был освобожден от содержания посторонних лиц. После эпидемии чумы 1771 г. скончались 8 из 12 монахов. Часть братии покинула мон-рь во время оккупации Москвы армией Наполеона I в 1812 г. Оставшиеся мужественно переносили издевательства военных. Особенно пострадали бывш. казначей иером. Георгий и иером. Иосиф, от побоев скончался иером. Павел. В нач. XX в. в штате мон-ря числились 11 чел. братии, а вне штата - 12 послушников.
М. З. м. являлся традиц. царским богомольем в день иконы Божией Матери «Знамение», 27 нояб. На протяжении XVII в. здесь побывали все члены царской семьи, начиная с царя Михаила Феодоровича Романова (впервые в 1632). В посл. четв. XVII в. правящая династия стала реже удостаивать мон-рь своим вниманием. Только имп. Елизавета Петровна посетила обитель в 1744 г. и назвала старый государев двор «двором ея императорского величества», после чего в Знаменском соборе было устроено имп. место, к-рое, однако, было впосл. разобрано за ненадобностью. Интерес имп. фамилии к М. З. м. возродился только во время коронационных торжеств 1856 г. С тех пор мон-рь принимал членов имп. фамилии во время их посещений Москвы и коронационных торжеств. Монастырь был включен в программу празднования 300-летия дома Романовых. Имп. св. Николай II Александрович посетил обитель 25 мая 1913 г.
С XVII в. обитель содержала больницу, к-рая в XVIII в. находилась в отдельном здании при храме Благовещения Пресв. Богородицы. В 1682 г. царь Феодор Алексеевич распорядился построить на территории мон-ря одну из 2 «шпитален по новым еуропским обычаям», чтобы «впредь по улицам бродящих и лежащих нищих не было». На содержание этой богадельни должен был использоваться доход М. З. м., но проект не был реализован.
Мон-рь часто становился пристанищем ушедших на покой архиереев и архимандритов. В 1700-1708 гг. здесь проживал Рязанский и Муромский митр. Авраамий, в 1748-1751 гг.- архиеп. Гавриил (Русской), в 1743-1755 гг.- еп. Лев (Юрлов), с 1898 г.- еп. Акакий (Заклинский), в 1752-1762 гг. в М. З. м. проживал Тифлисский митр. Афанасий (Амилахвари) со своим штатом, Алавердский еп. Николай (Андроникашвили) и архимандриты неск. грузинских мон-рей.
В М. З. м. регулярно присылали духовных лиц и раскольников для исправления и вразумления. До 1764 г. при мон-ре содержались колодники и отставные военные со своими семьями (в 1737 их было 8 чел.). Рост благосостояния обители после 1764 г. позволил ей заниматься благотворительностью. Освободившиеся от постоя кельи были приспособлены для бурсы, действовавшей в мон-ре в 1780-1835 гг. М. З. м. неоднократно участвовал в сборе средств для помощи бедным и терпящим бедствия православным др. стран. 9 окт. 1900 г. при мон-ре открылась церковноприходская школа на 20 мальчиков. Ее возглавил член Кирилло-Мефодиевского братства прот. П. А. Смирнов.
Формировался с XVII в. Здесь хоронили насельников мон-ря и духовных лиц, в т. ч. московского юродивого Карпа Мартемьянова (не позже 1669), Архангельского и Сербословенского еп. Иоакима (Дьяковича; Ɨ 1678), государева иконника С. Ушакова (Ɨ 1686) и его родственников, митр. Рязанского и Муромского Авраамия (Ɨ 1708), архиеп. Льва (Юрлова; Ɨ 1755; в ц. прп. Афанасия Афонского).
Одновременно складывался светский некрополь, где хоронили вкладчиков монастыря, представителей аристократических фамилий, приказных людей и жителей Китай-города. Предположительно здесь была усыпальница Милославских (Седов. 2006. С. 145), рядом со Знаменским собором находился некрополь Кравковых и Ржевских (родственников Милославских), где были похоронены стольники и полковники С. М. Кравков (Ɨ 1699) и А. М. Кравков (Ɨ 1727), комнатный стольник М. А. Ржевский (Ɨ 1696), А. И. Ржевская (Ɨ 1704) и др. На паперти собора был некрополь Лихаревых, в т. ч. находилось захоронение генерал-лейтенанта И. М. Лихарева (Ɨ 1762). В трапезной нижнего храма были погребены князья Голицыны, породнившиеся с Ржевскими и Лихаревыми, в т. ч. П. Б. Голицына (урожд. Лихарева; Ɨ 1742) и ее муж кн. И. А. Голицын (Ɨ 1741), С. М. Багратион (урожд. Ржевская; Ɨ 1762), ее первый муж кн. А. И. Голицын (Ɨ 1728) и сын кн. Н. А. Голицын (Ɨ 1751). В 1752 г. кнг. С. М. Багратион устроила придел свт. Николая над могилой своих родственников. Монастырский некрополь был упразднен в 1771 г. Большинство надгробий было утрачено уже к сер. XIX в. На стенах Знаменского собора сохранились нек-рые белокаменные надгробные доски, внутри собора - митр. Авраамия, Е. С. и И. М. Лихаревых, за алтарем - М. А. и А. И. Ржевских. Фрагменты надгробных досок находятся на юж. стене собора.
С основания М. З. м. был наделен обширными земельными владениями, основу к-рых составили земли великой старицы Марфы. 1 нояб. 1631 г. царь Михаил Феодорович пожаловал мон-рю родовые вотчины Романовых - с. Яганово Московского у. и с. Хабоцкое с волостью в Бежецком у. Также мон-рю был передан Царицын (Знаменский) луг на берегу р. Москвы между Садовнической и Лужнецкой слободами. В XVII в. мон-рю были пожалованы землевладения в Нижнеломовском, Переяславль-Рязанском и Ряжском уездах, а в XVIII в.- в Звенигородском у. Всего на крестьянских землях в 1646 г. находилось 223 крестьянских двора, а к 1700 г.- 299 дворов (Забелин. 1891. Ч. 2. С. 468). Со своих вотчин М. З. м. получал денежный и натуральный (масло, яйца, грибы, дрова, сено и солому) оброк, монастырские крестьяне отрабатывали барщину. Помимо этого мон-рю принадлежали неск. мельниц и перевоз. С 30-х гг. XVII в. М. З. м. владел двором по Б. Знаменскому пер. напротив мон-ря. Рядом с этим двором в 1693 г. был приобретен двор стольников И. Д. и С. Д. Плещеевых. Эти дворы сдавались в аренду. Нек-рые помещения на территории мон-ря в XVII в. также сдавались в аренду, в частности калашникам.
Ежегодно М. З. м. получал ругу в размере 28 р. 81 к., а также воск, вино, ладан и пшеницу для выпечки просфор. На престольные праздники в честь иконы Божией Матери «Знамение» и прп. Афанасия Афонского мон-рю полагались денежные пожалования и «хлебные дачи» на братскую трапезу. Особые пожалования раздавались во время посещений мон-ря членами царской фамилии и патриархом. Т. о., средний ежегодный доход мон-ря в XVII в. составлял менее 1 тыс. р. Существенным дополнением к этой сумме были многочисленные частные вклады, особенно от семей Милославских, Хитрово, Заборовских и др. Свое имущество мон-рю завещали Г. Я. и Ф. Я. Милославские.
В XVIII в. доходы М. З. м. существенно сократились. В 1700 г. царь Петр I повелел «денежную ругу и хлебную дачю отставить» (Там же. С. 468-469). Праздничные деньги выдавались только во время посещений мон-ря царем. Монастырские вотчины перешли под управление Монастырского приказа и Коллегии экономии. Из доходов, поступавших с монастырских крестьян, царь Петр I назначил М. З. м. ежегодное хлебное и денежное жалованье в размере 334 р. 25,5 к. и 20 р. на строение мон-ря (Там же. 1884. Ч. 1. Стб. 410). 9 р. обитель получала за содержание колодников в кельях у задних ворот. Общая сумма ежегодного дохода не превышала 400 р., и ее едва хватало на покрытие текущих расходов. В эту сумму не входили доходы от продажи мест на монастырском кладбище, от переливки части серебряных окладов и продажи полученных слитков. Существенно подорвали благосостояние обители значительные траты на мощение улиц, окружавших мон-рь по периметру; их площадь составила более 400 кв. саж. В результате мон-рь не имел средств на ремонт и поддержание монастырских зданий.
После 1764 г. штатное жалованье М. З. м. составило ок. 283 р. Спустя 100 лет эта сумма выросла до 860 р. 44 к. Мон-рю были оставлены неск. лугов, мельница, пруд. В 1843 г. в пользование обители передали урочище Федорова Роща в Богородском у. Московской губ., где был основан монастырский хутор, а в 1912 г. выстроен 2-этажный корпус с домовой ц. во имя вмч. Пантелеимона, свт. Модеста и прор. Илии. По данным на 1866 г., от сдачи в аренду земель монастырь ежегодно получал 2442 р. 14,5 к.
Существенный доход приносила сдача внаем помещений на территории мон-ря, а также в Городской и Пятницкой частях Москвы. Для этой же цели со стороны Б. Знаменского пер. мон-рь выстроил в 1825-1827 гг. 2 подворья. Если в 1770 г. он получал от сдачи в аренду своих зданий 221 р., то к 1857 г. эта сумма выросла до 3110 р. На ремонтно-строительные работы М. З. м. стал получать дополнительные суммы от гос-ва, в т. ч. 1500 р. в 1776-1778 и 12 тыс. р. в 1782-1784. Значительную сумму (20 тыс. р.) мон-рь получил от имп. Александра II за передачу в Дворцовое ведомство палат бояр Романовых. Наконец, частные вкладчики поддерживали обитель, передавая ей билеты сохранной казны. К 60-м гг. XIX в. эти билеты ежегодно приносили 500 р.
Во время революционных событий в М. З. м. настоятельствовал (1914-1920) архим. Аристарх (Николаевский). Затем настоятелем был архим. Митрофан (Гринёв) (30 авг. 1920 - 1 нояб. 1920). 24 апр. 1922 г. в соответствии с декретом советской власти об изъятии церковных ценностей были конфискованы богослужебные сосуды, ризы, оклады. В 1923 г. мон-рь был закрыт, а братские корпуса заняты жилыми товариществами. В настоятельском и братском корпусах разместилась также начальная школа. После закрытия обители в соборе продолжили служить нек-рые из насельников мон-ря, в т. ч. иером. Серафим (Иванов) до 1928 г., когда храм был закрыт и его помещение переоборудовано под фабрику и жилые помещения: разобраны главы, боковые барабаны и крыльцо XVIII в. С запада к собору был пристроен 2-этажный жилой дом.
Монастырские здания по Елецкому (Б. Знаменскому) и частично по Максимовскому (М. Знаменскому) переулкам были снесены в 40-х гг. XX в. К сносу предназначались и остальные здания М. З. м., оказавшиеся в аварийном состоянии. В 60-х гг. XX в. в результате выступлений общественности было принято решение сохранить историческую застройку ул. Варварки. Одновременно со строительством в Зарядье гостиницы «Россия» архитектурно-реставрационная мастерская № 7 Ин-та по проектированию благоустройства и озеленения г. Москвы «Моспроект-3» осуществила реставрацию зданий М. З. м., которые были объявлены памятниками архитектуры всесоюзного значения. Под рук. И. И. Казакевич и Е. П. Жаворонковой была выполнена реставрация Знаменского собора, настоятельского и братского корпусов (1963-1972). Реставрация колокольни и примыкающего к ней сев. корпуса была осуществлена Центральными научно-реставрационными проектными мастерскими в 1964-1969 гг. под рук. Л. А. Давида, С. С. Подъяпольского и В. Н. Меркеловой. После завершения реставрационных работ все здания М. З. м. были переданы Московскому городскому отделению Всероссийского общества охраны памятников истории и культуры. В верхнем храме разместился концертно-лекционный, а в нижнем - выставочный зал. После того как стены собора дали трещины, он был закрыт на реставрацию (1979-1989).
10 дек. 1992 г. были возобновлены богослужения в нижней церкви во имя прп. Сергия Радонежского. Тогда же храм в честь иконы Божией Матери «Знамение» на Варварке был включен в состав открывшегося подворья Патриарха Московского и всея Руси в Зарядье Китай-города. Подворью были переданы настоятельский и братский корпуса, колокольня и примыкающий к ней сев. корпус. Возглавил подворье игумен Троице-Сергиевой лавры Иосиф (Шапошников), а в 2004 г.- прот. Вячеслав Шестаков. При храме была открыта воскресная школа. В 2005 г. собор закрыли на реставрацию, после которой богослужение возобновилось в нижнем храме в день памяти прп. Сергия Радонежского, 8 окт., в 2013 г.
В нижнем храме создан новый иконостас. В храме находятся иконы XVII-XXI вв., в т. ч. список 1885 г. с Серафимо-Понетаевской иконы Божией Матери, икона свт. Николая Чудотворца с частицей его мощей (на месте Никольского придела), икона св. блгв. кн. Александра Невского, написанная по заказу крестьян Карповской вол. Ярославской губ. в 1898 г. в память об освобождении крестьян от крепостной зависимости. Чтимыми святынями являются поручи и епитрахиль прп. Алексия (Соловьёва), старца Зосимовского.
В связи со строительством парка Зарядье проведена реставрация ансамбля М. З. м. В 2015 г. завершены реставрационные работы в настоятельском и братском корпусах, в 2016 г. отреставрирован собор.