Екатеринодарской и Кубанской епархии, первоначально Ставропольской и Екатеринодарской епархии, названо по г. Ейску (совр. Краснодарский край). В связи с трудностями управления значительной по территории и населению Ставропольской епархией (см. Ставропольская и Владикавказская епархия) 25 дек. 1907 г. Святейший Синод издал указ об «учреждении в Ставропольской епархии на местные средства кафедры викарного епископа с присвоением ему наименования Ейский и о бытии ректору Астраханской духовной семинарии архимандриту Иоанну епископом Ейским» (цит. по: Православная Церковь на Кубани. 2001. С. 118). Местом пребывания Ейского епископа был определен Екатеринодар (с 1920 Краснодар) с возложением на архиерея управления Екатерино-Лебяжской Николаевской общежительной муж. пуст. Границы викариатства совпадали с границами Екатеринодарского духовно-училищного округа. Е. в. включало города Екатеринодар, Майкоп, Темрюк и Ейск, 166 станиц, 19 селений и 44 хутора, состоявших в 20 благочиниях, с 3 соборными, 360 приходскими церквами, при к-рых служили 377 священников, 152 диакона и 366 псаломщиков, с 2 муж. мон-рями (Закубанская Михаило-Афонская и Екатерино-Лебяжская пустыни) и 3 жен. обителями (Преображенский и Покровский мон-ри, Черноморская Марие-Магдалинская пуст. (см. Марии Магдалины, равноапостольной, женский монастырь в ст-це Роговской)). В Екатеринодаре располагались духовное муж. уч-ще и епархиальное жен. уч-ще, отд-ние Ставропольского училищного совета и Александро-Невское благотворительно-просветительное братство. В 1900-1914 гг. в городе был возведен монументальный 7-престольный собор во имя вмц. Екатерины. Екатеринодарская городская управа отвела десятину земли для архиерейского подворья и гарантировала выплату ежегодного пособия в размере 3 тыс. р. в течение 10 лет. Кроме того, на содержание Ейского епископа выделялось по 1 тыс. р. из доходов Михаило-Афонской и Екатерино-Лебяжской пустыней и 500 р. из доходов Марие-Магдалинской пуст. 3 февр. 1908 г. состоялась хиротония Иоанна (Левицкого) во епископа Ейского.
29 февр.- 1 марта 1916 г., как следует из письма Петроградского митр. Питирима (Окнова) Ставропольскому и Екатеринодарскому архиеп. Агафодору (Преображенскому) (Там же. С. 137-138, № 64), в Синоде была создана комиссия по вопросу об увеличении в Русской Церкви числа епархий и о более удобном распределении их границ. В числе других комиссия рассматривала вопрос об образовании на территории Кубанской обл. отдельной епархии. В 1916 г. Кубанская самостоятельная кафедра не была учреждена, но возглавлявший ее викарный епископ приобрел новый статус - викария с особыми в епархии полномочиями (права и обязанности викариев с особыми полномочиями были описаны в инструкции Синода от 30 сент. 1916; см.: Там же. С. 138-139, № 65; см. также распоряжение Ставропольской консистории духовенству Кубанской обл. от 30 окт. 1916 о предоставлении епископу Кубанскому и Екатеринодарскому особых полномочий- Там же. С. 141, № 67). Викариатство было переименовано в Екатеринодарское и Кубанское, территория определена в границах Кубанской обл. (указы Синода от 12 и 24 окт. 1916; см.: Там же. С. 140-141, № 66). Глава вик-ства приобрел большие в сравнении с предыдущим периодом права в отношении храмов и духовенства вик-ства. Кубанский епископ мог привлекать к суду подведомственных ему лиц духовного звания, собирать съезды духовенства, наблюдать за деятельностью духовных школ и за преподаванием Закона Божия в светских школах. Для решения насущных нужд викарий мог посылать прошения в Святейший Синод и к местным гражданским властям. Викарии с особыми полномочиями имели собственную печать и канцелярию. В сложных случаях викарий должен был обращаться к епархиальному архиерею, все финансовые вопросы деятельности викариатства решались в Ставрополе.
К кон. 1916 г. в Кубанской обл. насчитывалось ок. 500 приходов. 22 янв. 1917 г. Кубанский и Екатеринодарский еп. Иоанн, обратившись к пастырям, священно- и церковнослужителям с призывом поддерживать в народе благочестие, сказал, что «ныне свершается суд Божий над нашей многострадальной Родиной» (цит. по: Там же. С. 144). 22-23 марта 1917 г. по предложению еп. Иоанна состоялся съезд благочинных Кубанской обл. в связи «с текущими великими историческими днями», на к-ром было запланировано проведение 13 апр. съезда Кубанской епископии для рассмотрения устава Ставропольской епархии. На собрании духовенства Ейска и ряда станиц Кубанской обл., состоявшемся на пасхальной неделе 1917 г., подавляющим числом голосов было поддержано пожелание установить в России конституционную монархию. На прошедшем в мае 1919 г. в Ставрополе Южнорусском Соборе было принято решение «о признании выделения Кубанского викариатства из Ставропольской епархии неотложно необходимым». 18 июня того же года Временное высшее церковное управление на Юго-Востоке России издало указ о преобразовании Кубанского вик-ства в самостоятельную епархию с оставлением наименования «Преосвященный епископ Кубанский и Екатеринодарский» (см. ст. Екатеринодарская и Кубанская епархия). В 1922 г. в Кубанской епархии началось распространение обновленчества, в раскол уклонился Кубанский еп. Иоанн (Левицкий). С 24 июля по 21 авг. 1922 г. обновленческой Кубанской епархией управлял Николай (Федотов), бывш. настоятель ейского Михаило-Архангельского собора, благочинный церквей Ейска, носивший титул «епископ Ейский (Новороссийский)».
В нач. 20-х гг. XХ в. было, по-видимому, возобновлено правосл. Е. в. Есть сведения, что 29 нояб. 1920 г. во епископа Ейского был хиротонисан Филипп (Гумилевский), вскоре арестованный, затем сосланный в Н. Новгород. В кон. 1921 г. епископом Ейским, викарием Кубанской епархии, был назначен Евсевий (Рождественский), прибывший в Ейск в янв. 1922 г. (По-видимому, недостоверными являются сведения о хиротонии 4 нояб. 1921 во епископа Ейского Василия (Ратмирова), вскоре уклонившегося в обновленчество.) Когда Кубанский еп. Иоанн (Левицкий) перешел в обновленчество, еп. Евсевий объявил архиеп. Иоанна впавшим в раскол и взял на себя управление Кубанской епархией, организовал епархиальный совет. В мае 1922 г. еп. Евсевий прибыл в Краснодар, 4 янв. следующего года был арестован по обвинению в «противодействии изъятию церковных ценностей». В 1925-1926 гг. епископом Ейским являлся сщмч. Кирилл (Соколов). С 17 нояб. 1931 по 22 нояб. 1933 г. обязанности епископа Ейского, викария Кубанской епархии, временно управляющего Ростовской епархией, выполнял Николай (Амасийский).
Е. в. было возрождено в 2005 г.: 3 апр. того же года в храме Христа Спасителя Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II возглавил хиротонию Тихона (Лобковского) во епископа Ейского, викария Екатеринодарской и Кубанской епархии. Еп. Тихон, имеющий местопребывание в Краснодаре, помогает митр. Исидору (Кириченко) в управлении Екатеринодарской епархией.
Иоанн (Левицкий; 3 февр. 1908 - май 1919; с окт. 1916 имел титул «Кубанский и Екатеринодарский»), Филипп (Гумилевский; 29 нояб. 1920 - 1921?), Евсевий (Рождественский; кон. 1921 - 4 янв. 1923), сщмч. Кирилл (Соколов; 1925-1926), Николай (Амасийский; 17 нояб. 1931 - 22 нояб. 1933), Тихон (Лобковский; с 3 апр. 2005).