Виленской и Литовской епархии, существовало в 1843-1921, 1942-1946 гг., названо по г. Ковно (с 1918 Каунас, Литва). К. в. было образовано в 1843 г. в связи с учреждением Ковенской губ. по ходатайству Литовского еп. Иосифа (Семашко). Настоятель виленского Свято-Духова мон-ря (см. Вильнюсский в честь Сошествия Святого Духа на апостолов мужской монастырь) архим. Платон (Городецкий) был хиротонисан во епископа Ковенского, 2-го викария Литовской епархии. Первоначально епископы Ковенские жили в Пожайском в честь Успения Пресв. Богородицы мон-ре в 9 верстах от Ковно, настоятелями к-рого они являлись. Епископы заботились не только о Пожайском мон-ре, в их обязанности входило также попечение о др. небольших обителях Ковенской губ.: Сурдегском муж. мон-ре в Вилькомирском у. и Антолептском жен. мон-ре в Новоалександровском у. Кафедрами епископов Ковенских до первой мировой войны были Никольский и Петропавловский храмы в Ковно.
6 дек. 1864 г. Ковенский еп. Александр (Добрынин) по благословению митр. Иосифа (Семашко) учредил Никольское миссионерское и благотворительное братство. Первым главой братства стал ковенский губернатор Н. М. Муравьёв. В 1908 г. Никольское братство объединилось с Петропавловским военным братством, действовавшим при полковой Петропавловской ц. в Ковно, и стало называться Никольско-Петропавловским. На средства Ковенских епископов и братства в Ковенской губ. проводилась миссионерская деятельность среди старообрядцев, к нач. ХХ в. были открыты единоверческие приходы: Андреевский на Зелёной горе в Ковно, Новоалександровский в г. Новоалександровске (ныне Зарасай, Литва), Каролишский в с. Каролишки Вилькомирского у. С 1881 г. Ковенский еп. Донат (Бабинский-Соколов) упоминается как 1-й викарий Литовской епархии.
С 1911 г. на средства Ковенского еп. Елевферия (Богоявленского) при Никольско-Петропавловском братстве издавалась единственная в Ковно рус. газ. «Литовская Русь». Также силами Ковенских епископов и Ковенского братства до 1915 г. содержались братский приют на 25 сирот и школа на 70 чел. Ковенское братство прекратило существование в сент.-окт. 1915 г., сразу после оккупации Ковно нем. войсками; братство было возобновлено в 1926 г., действовало до 1940 г.
3 авг. 1915 г. еп. Елевферий организовал эвакуацию Пожайского и Сурдегского мон-рей и вскоре выехал в Москву. 28 июня 1917 г. в связи с избранием 21 июня на Московскую кафедру Литовского архиеп. св. Тихона (Беллавина ; с нояб. 1917 патриарх Московский и всея России) еп. Елевферий был назначен временно управляющим Литовской епархией. В кон. 1917 г. епископ прибыл в Дисну (ныне на территории Белоруссии), единственную часть Литовской епархии, не занятую нем. войсками. В нояб. 1918 г. переехал в Вильну (Вильнюс). Позднее было учреждено Каунасское православное духовное правление. Постановлением патриарха Тихона и Синода от 28 июня 1921 г. еп. Елевферий был возведен в сан архиепископа и назначен на Виленскую кафедру правящим архиереем.
С 14 окт. 1922 г. до нач. февр. 1923 г. архиеп. Елевферий находился под арестом по приказу польск. властей (Виленский край официально был присоединен к Польше в марте 1922). После освобождения архиерей был выслан из Польши, 6 февр. он прибыл в Каунас - временную столицу Литовской республики. В связи с тем что кафедральный Петропавловский собор в Каунасе еще в 1919 г. был отобран у верующих, кафедральным храмом стала кладбищенская Воскресенская ц. В 1932 г. был заложен каунасский кафедральный Благовещенский собор (освящен в 1935). В окт. 1939 г. Виленский край был передан Литве, митр. Елевферий вернулся в Вильнюс.
26 апр. 1942 г. Виленский митр. Сергий (Воскресенский) возглавил хиротонию архим. Даниила (Юзвьюка) во епископа Ковенского (Каунасского), викария Литовской епархии. После убийства 23 апр. 1944 г. митр. Сергия еп. Даниил стал первым кандидатом на должность экзарха согласно завещанию покойного. 8 мая еп. Даниил объявил о вступлении в должность временно управляющего Виленской и Литовской епархией с правами заместителя Патриаршего экзарха Прибалтики, тогда же он был возведен в сан архиепископа Ковенского. В июле 1944 г. смещен с кафедры оккупационными властями и арестован, освобожден в мае 1945 г. Жил в Чехословакии, в кон. 1945 г. вернулся в СССР, в янв. 1946 г. (по др. данным, 30 дек. 1945) назначен на Пинскую и Брестскую кафедру. К. в. впосл. не замещалось.
Платон (Городецкий; 8.09. 1843 - 6.11.1848), Евсевий (Ильинский; 1.01.1849 - 29.03.1851), Филарет (Малышевский; 28.05.1851 - 13.09.1860), Александр (Добрынин; 21.11.1860 - 14.08. 1868), Иосиф (Дроздов; 11.09.1868 - 7.12.1874), Евгений (Шерешилов; 10.02. 1875 - 16.05.1877), Владимир (Никольский; 16.05.1877 - 14.05.1881), Донат (Бабинский-Соколов; 14.05.1881 - 6.03. 1882), Сергий (Спасский; 30.05.1882 - 7.06.1885), Смарагд (Троицкий; 15.09. 1885 - 2.10.1886), Антонин (Державин; 18.10.1886 - 14.03.1889), Кирилл(Орлов; 13.05.1889 - 26.12.1890), Григорий (Полетаев; 3.02.1891 - 21.11.1892), Христофор (Смирнов; 19.12.1892 - 6.06.1897), Михаил (Темнорусов; 6.08.1897 - 22.09. 1899), Михаил (Ермаков; 20.10.1899 - 6.09.1903), Сергий (Петров; 6.09.1903 - 25.01.1907), Кирион (Садзаглишвили (см. Кирион III); 25.01.1907 - 15.02.1908), Владимир (Филантропов; 22.02.1908 - 25.06.1911), Елевферий (Богоявленский; 21.08.1911 - 15.06.1921), архиеп. Даниил (Юзвьюк; 26.04.1942 - янв. 1946 г. (30.12.1945 ?); в сане архиепископа с мая 1944).