Вологодской и Тотемской епархии, названо по поселку при ст. Няндома (ныне город Архангельской обл.) (см. ст. Вологодская и Кирилловская епархия), существовало в 1929-1931 гг. В состав Н. в. были включены приходы Каргопольского викариатства Олонецкой и Вельского викариатства Вологодской епархий, прекративших существование несколько ранее. Каргопольский еп. Василий (Докторов), викарий Олонецкой епархии в кон. 1927 - нач. 1928 г., был перемещен в Вытегорское викариатство той же епархии, новый викарий не был назначен. 27 дек. 1928 г. вышло определение заместителя патриаршего местоблюстителя Нижегородского митр. Сергия (Страгородского; впосл. патриарх Московский и всея Руси) и Временного Патриаршего Священного Синода, по к-рому были образованы церковные области, объединявшие по неск. епархий. Границы епархий приводились «в соответствие гражданскому делению территории Союза». 14 янв. 1929 г. в связи с введением нового адм. деления был образован Северный край с центром в г. Архангельске. В его составе с 15 июля 1929 по 23 июля 1930 г. существовал Няндомский окр., включавший Вельский, Верховажский, Коношский, Каргопольский, Няндомский, Приозёрный, Ровдинский, Устьянский и Шенкурский районы. Н. в. учреждалось в условиях массового закрытия храмов под различными предлогами. В марте 1929 г. на ст. Няндома местными властями была закрыта Зосимо-Савватиевская ц., хотя решение ВЦИК по этому вопросу еще не было вынесено. Религ. община в поселке сохранялась до 1938 г. 29 нояб. 1929 г. викарным епископом Няндомским был назначен Тотемский еп. Аполлос (Ржаницын), викарий Вологодской епархии. Скорее всего он не был допущен гражданскими властями к новому месту служения. В 1930-1931 гг. проживал в Вологде в семье сына. Служил в нижнем, Христорождественском приделе храма Рождества Пресв. Богородицы на Богородском кладбище, в то время как верхний храм занимали обновленцы. Фактически архиерей находился на покое. По воспоминаниям прот. А. Резухина, какое-то время «его поминали Тотемским, как викария». Преемник еп. Аполлоса на Тотемской кафедре еп. Гавриил (Абалымов) в 1930 г. по пути к пастве «в г. Вологде не получил разрешения на проезд в Тотьму» и был вынужден вернуться в Москву (Архив СПб епархии. Ф. 1. Оп. 26(1). Д. 1. Л. 230-231). В нояб. 1931 г. еп. Аполлос был назначен управляющим Архангельской и Холмогорской епархией.
В 1930 г. было открыто обновленческое Няндомское и Вельское викариатство. 27 марта 1930 г. во епископа Няндомского, викария Архангельской и Холмогорской епархии, был хиротонисан прот. Николай Смирнов. При этом до ухода на покой 20 авг. 1930 г. Каргопольского еп. Павла Герасимова обновленческое Каргопольское викариатство оставалось замещенным. В том же году Н. в. было преобразовано в Няндомско-Вельскую епархию Северной митрополии. 11 февр. 1931 г. еп. Николай Смирнов был назначен управляющим Ефремовским викариатством Тульской епархии. Приходы упраздненной Няндомской епархии вошли в состав обновленческой Вологодской епархии.