правосл., в XVII - нач. XIX в. униатский, существовал при ц. во имя Св. Троицы в Вильно. Храм был построен по инициативе вел. кнг. Иулиании Александровны († 1392), дочери тверского кн. св. Александра Михайловича, 2-й жены (с 1349) литов. вел. кн. Ольгерда, на месте казни Виленских мучеников Антония, Иоанна и Евстафия (1347). Первое упоминание об обители при ц. Св. Троицы относится к 1391 г. (Ярашэвiч. С. 68).
По-видимому, изначально В. м. имел статус архимандритии. Настоятель обители архим. Макарий в 1495 г. в виленском кафедральном Успенском соборе был хиротонисан во митрополита Киевского. Нек-рое время спустя митр. Макарий назначил настоятеля В. м. своим наместником в Вильно, что вызвало протест священников виленских храмов. Архимандрит В. м. Зосима участвовал в Виленском Соборе, проходившем с 25 дек. 1509 по 18 янв. 1510 г.
До кон. XVI в. В. м. был наиболее почитаемой в крае правосл. обителью, существовал в основном за счет великокняжеских и частных пожертвований. Первый известный вклад (деньгами, книгами и церковной утварью) сделал в 1460 г. приближенный кор. Казимира IV Ягеллончика литов. маршалок А. А. Солтан (Описание ОР БАН. СПб., 1910. Т. 1. С. 32). После кончины киевского воеводы кн. Д. И. Путятича-Друцкого его душеприказчик кн. М. Л. Глинский 29 апр. 1506 г. пожертвовал обители 10 коп грошей, в то время как на другие «на дванадцать церквей виленьских по копе грошей» (АЗР. Т. 1. № 224. С. 370). 12 марта 1510 г. грамотой польск. кор. Сигизмунда I В. м. был дан в пожизненное владение вдовствующей кор. и вел. кнг. литов. Елене Иоанновне с правом избирать по своему усмотрению архимандритов. Первые крупные земельные пожалования в пользу обители (имения Свинтыники и Пурвиники в Ковенском повете и др.) сделали в 10-30-х гг. XVI в. гетман Вел. княжества Литовского и воевода Вильно кн. К. И. Острожский и кн. М. Н. Головчинский, служивший у вел. кнг. Елены Иоанновны. За победу над московскими войсками под Оршей (1514) кор. Сигизмунд I разрешил кн. Острожскому выстроить вместо деревянного каменный Троицкий храм с приделом в честь Сретения Господня. Строительство шло медленно: еще 12 нояб. 1529 г. подскарбий земский и маршалок М. Богуш Боговитинович завещал «на будованье у Вильни светлое Троицы» 200 коп грошей (АЮЗР. Т. 1. № 91. С. 76).
К сер. XVI в. позиции Православия в Великом княжестве Литовском существенно ослабли, церковные должности покупались или распределялись королем (право «подаванья»). 10 июля 1551 г. кор. Сигизмунд пожаловал В. м. виленскому скарбнику и ключнику Сильвестру (Белькевичу), не имевшему тогда духовного сана, в 1567 г.- Ф. Белькевичу, 15 февр. 1569 г.- Киевскому митр. Ионе (Протасевичу), в 1579 г.- в пожизненное владение митр. Онисифору (Девочке).
27 мая 1584 г. кор. Стефан Баторий предоставил право владения В. м. после кончины митр. Онисифора правосл. членам виленской городской рады (совета), что позволило создать при мон-ре Виленское православное братство. На свои средства братство содержало священника, диакона и иноков мон-ря, братству принадлежал Сретенский придел Троицкого храма. В 1589 г., оставляя митрополичью кафедру, митр. Онисифор напомнил о своем владении В. м., но в 1590 г. отказался от этого права. В 1592 г. король окончательно передал В. м. представителям виленской рады.
После заключения Брестской унии 1596 г. большинство архиереев Киевской митрополии стали униатами. В янв. 1597 г. наместник В. м. архим. Софроний, поначалу принявший унию, отказался молиться за униатского митр. Михаила (Рогозу), сдал ключи от монастырских построек и покинул обитель, но вскоре вернулся в униатство. После смерти Михаила (Рогозы) в сент. 1599 г. в В. м. по благословению настоятеля архим. Иоасафа проповедовал один из главных противников унии - Стефан Зизаний. Его проповеди стали причиной закрытия Троицкого храма по указу униатского митр. Ипатия Потея от 24 сент. 1599 г. Правосл. братчики переселились из В. м. к храму в честь Сошествия Св. Духа, где к 1605 г. устроился новый мон-рь (см. Вильнюсский в честь Сошествия Св. Духа на апостолов мон-рь).
В 1601 г. Потей открыл в В. м. униатский митрополичий коллегиум, или семинарию, сразу же получившую земельные владения. Первый ректор семинарии - П. Ф. Сурометников - издал направленную против православных кн. «Оборона Собору Флорентийского осмаго» (не сохр.). Насельники униатского мон-ря активно писали и издавали полемические брошюры, направленные против православных: «Уния», «Разговор брестского мещанина с виленским братчиком», «Воскресший Наливайко», «Политика, называемая невежеством» и т. п. (не сохр., известны по названиям), в к-рых, в частности, называли своих противников бунтовщиками против королевской власти.
16 нояб. 1605 г. кор. Сигизмунд III Ваза предоставил В. м. в пожизненное управление униату архим. Самуилу (Сенчило) с «удалением от заведования» обителью представителей виленской рады. В янв. 1608 г. при В. м. было создано униатское братство, к-рому, по мнению Потея, должны были перейти грамоты и привилегии, дарованные правосл. братству, и т. о. последнее должно было прекратить свое существование (такого рода иски к правосл. братчикам выдвигались униатским братством до офиц. признания кор. Владиславом IV Вазой правосл. братства в 1632).
После того как Потей в июле 1608 г. назначил своим наместником в Вильно насельника В. м. иером. Иосифа Вельямина Рутского, известного своим стремлением к окатоличиванию униатов, архим. Самуил выступил против митрополита и в авг. 1608 г. вместе с виленскими приходскими священниками обратился к собранию бурмистров и радцев рус. общины с жалобой на действия митрополита. За незаконное обращение к светскому суду Потей приговорил Самуила к лишению сана и отлучению от Церкви. Троицкий архимандрит подал виленскому правосл. братству просьбу принять его в число братчиков. На собрании 30 нояб. 1608 г. виленские правосл. священники вместе с членами братства решили вернуть архим. Самуилу (Сенчило) настоятельство в В. м. после отречения от повиновения униатскому митрополиту. Последующие полгода были отмечены стихийными стычками между православными и униатами, взаимными исками, направленными в суды разных инстанций. В июле 1609 г. в Вильно состоялось выездное заседание суда при королевском дворе, решением к-рого виленские правосл. братчики были оштрафованы на 10 тыс. злотых, а архим. Самуилу предписывалось покинуть пределы Речи Посполитой.
В авг. 1609 г. В. м. окончательно перешел под власть униатов. В ведение настоятеля мон-ря светские власти передали все виленские приходские правосл. церкви. Униатский наместник обители Рутский, а затем и его преемник архим. Иосафат Кунцевич преобразовали мон-рь по образцу лат. монашеских орденов. Городской магистрат, состоявший теперь только из католиков и униатов, вынес постановление, в соответствии с к-рым каждый желающий вступить в купеческое братство или ремесленный цех должен исповедаться в Троицком храме и принести оттуда удостоверение о принадлежности к унии; инициатор этого решения - Кунцевич - бдительно следил за его исполнением. (Т. о. православные лишались средств к существованию, поскольку в соответствии с магдебургским правом после удаления ремесленника из цеха его профессиональная деятельность становилась невозможной.)
После ухода в 1611 г. из В. м. Рутского его место занял бывш. Патриарх Московский и всея Руси Игнатий († ок. 1640), к-рый в 1612 г. вместе с поляками бежал из Москвы, осажденной войсками кн. Д. М. Пожарского и К. Минина. В Речи Посполитой он перешел в униатство. При нем в 1613 г. к В. м. был присоединен ставший также униатским минский в честь Вознесения Господня муж. мон-рь. Последний в 1635 г. был объединен с минским в честь Сошествия Св. Духа на апостолов муж. мон-рем.
В 1617 г. троицкие монахи вызвали на публичный диспут правосл. насельников Свято-Духова мон-ря, однако последние отказались, не надеясь на беспристрастность судей. Материалы несостоявшегося диспута с изложением униатской позиции опубликовал в том же году троицкий архим. Лев Кревза в соч. «Obrona jedności cerkiewney» (Оборона церковной унии). Особенно активно полемика между правосл. Свято-Духовым и униатским Троицким мон-рями разгорелась в связи с лит. деятельностью Мелетия (Смотрицкого), отстаивавшего в те годы Православие. В 1620 г. Виленское правосл. братство издало в защиту восстановленной западнорус. правосл. иерархии трактат Мелетия «Veryficatia niewinności» (Оправдание невинности). В ответ троицкие монахи выпустили кн. «Sowita wina» (Сугубая вина) (Wilno, 1621), сочиненную будто бы митр. Рутским, в к-рой называли правосл. архиереев преступниками, нарушившими гос. законы. В ходе полемики В. м. опубликовал направленные против «схизматиков» (православных) сочинения «List do zakonnikow monastera cerkwie S. Ducha wilenskiego» (Послание законникам виленского монастыря церкви Святого Духа), «Examen Obrony» (Экзамен обороны) (оба: Wilno, 1621), содержавшие упреки и брань в адрес Свято-Духовского братства и Мелетия (Смотрицкого), а также соч. Антония Селявы «Antelenchus» (Wilno, 1622). Помимо письменных оскорблений правосл. братчики подвергались частым физическим нападениям со стороны троицких монахов-униатов, студентов униатской семинарии (перечень обид, нанесенных униатами правосл. братству см.: Документы, относящиеся к истории унии).
В 1617 г., когда был утвержден униатский василианский орден (см. Василиане), униатское монашество освободилось от власти епархиальных архиереев и составило единую корпорацию, во главе к-рой стоял протоархимандрит. К сер. XVII в. В. м. стал центром ордена василиан, обитель направляла братию в др. мон-ри, одновременно сохраняя за собой освободившиеся штатные должности. В насельниках В. м. числилось более 100 чел. Из настоятелей и монахов В. м. ставились униатские епископы: Рутский в 1613 г. занял митрополичью кафедру; Кунцевич в 1618 г. был поставлен на Полоцкую архиепископию; после убийства Кунцевича Полоцкую кафедру в 1624 г. занял Антоний Селява, также бывш. настоятель В. м., с 1641 г. он являлся Киевским митрополитом; в 1625 г. из настоятелей В. м. на Смоленскую кафедру был поставлен Лев Кревза и т. д. Мон-рь владел крупной недвижимостью и землями, полученными в качестве пожертвований от дворян и купцов. Среди жертвователей был и Рутский, отписавший мон-рю родовое имение в Новогрудском воеводстве. При В. м. существовал жен. мон-рь, к к-рому в 1609 г. был приписан Брацлавский мон-рь.
В XVII-XVIII вв. в В. м. были возведены каменные колокольня и св. врата. К Троицкому храму пристроены 3 часовни: в честь Воздвижения Креста Господня, Благовещения Богородицы и во имя ап. Луки. После пожаров 1706, 1748, 1749 гг. мон-рь в 1760 г. был восстановлен по проекту архит. И. К. Глаубица: к келейному корпусу был пристроен 3-этажный флигель, капитально реконструирована Троицкая ц. К сер. XIX в. храм по своему внешнему виду и внутреннему убранству напоминал католич. костел с главным престолом и 6 алтарями, перед престолом находился переносной иконостас.
В результате 3-го раздела Польши (1795) Вильна стала губернским городом Российской империи. После ревизии, проведенной в 1836 г., власти предполагали закрыть В. м. Однако еп. Иосиф (Семашко) 18 февр. 1837 г. подал записку в Мин-во внутренних дел России, в к-рой писал о том, что «виленский базилианский монастырь мог бы быть впоследствии орудием восстановления здесь древнего Православия». После учреждения Виленской и Литовской епархии в 1839 г. В. м. был возобновлен как православный, в 1842 г. возведен в 1-й класс, в 1845 г. причислен к 3-му классу с настоятелем-архимандритом, 5 иеромонахами, 2 иеродиаконами, 1 монахом и 4 послушниками по штату. Первым настоятелем возобновленной обители стал архим. Евсевий (Ильинский), впосл. архиеп. Тверской. На содержание братии из казны отпускалось 1840 р. ежегодно, в качестве дохода от своих владений мон-рь получал еще 1,5-2 тыс. р. В. м. владел 25 десятинами земли в Вильне, собственностью упраздненной Трокской униатской архимандрии с озерами и фермами. В авг. 1845 г. на территории В. м. разместилась переведенная из Жировиц Литовская ДА, ее ректором являлся архимандрит мон-ря. В мон-рь также поступила часть б-ки жировицкого в честь Успения Пресв. Богородицы мон-ря. В актовом зале семинарии проходили епархиальные собрания, общегородские торжественные заседания, приуроченные к памятным датам, собрания виленского Свято-Духовского братства.
В 1851-1852 гг. в Троицком храме вместо старой (униатской) алтарной преграды акад. И. Т. Хруцкий выполнил новый иконостас. На средства (1500 р.), пожертвованные почетным гражданином Иркутска Е. Кузнецовым, в Троицкой ц. был устроен придел во имя ап. Иоанна Богослова. В 1869 г. по проекту епархиального архит. Н. М. Чагина на храме был воздвигнут деревянный купол, 2 каменные зап. боковые башни, в 1884 г. проведен внутренний ремонт. Настоятелями В. м. во 2-й пол. XIX в. были Филарет (Малышевский), впосл. еп. Нижегородский, Александр (Добрынин), впосл. архиеп. Литовский, Иосиф (Дроздов), впосл. еп. Смоленский, и др.
В 1915 г., во время первой мировой войны, насельники В. м. были эвакуированы и размещены в неск. мон-рях России. До нояб. 1919 г. богослужения в Троицкой ц. не совершались. 8 нояб. 1919 г. в больничном корпусе ДС разместились вернувшиеся из эвакуации сестры виленского (вильнюсского во имя равноап. Марии Магдалины) жен. мон-ря. Троицкий храм перешел к Мариинской жен. обители, богослужения в нем совершали насельники виленского Свято-Духова мон-ря. 9 дек. 1937 г. Марие-Магдалинский мон-рь был переведен в Александро-Невскую ц., Троицкий храм был закрыт. В 1991 г. власти Литвы передали Троицкую ц. униатской конгрегации, к 2004 г. в здании храма находится униатская ц. свт. Василия Великого. Помещения бывш. Литовской ДС занимает Вильнюсский технический ун-т им. вел. кн. Витовта Великого.
В В. м. хранились 2 чудотворные иконы Божией Матери. Остробрамскую икону, по преданию, привез из Херсонеса в Вильно в 1363 г. вел. кн. Ольгерд, вел. кнг. Иулиания поместила ее в Троицком храме В. м., в XV в. ее перенесли в специально устроенную часовню на городских воротах.
Чудотворная Виленская Одигитрия икона Божией Матери была перенесена в Троицкий храм В. м. из виленского Успенского собора. О нахождении иконы в мон-ре уже в XVII в. свидетельствует фундуш (завещание) 1652 г. троицкого архим. Алексия Дубовича. По-видимому, в XVII-XIX вв. икону неск. раз переносили из собора в обитель и обратно, во 2-й пол. XIX в. она находилась в местном ряду иконостаса Троицкого храма, слева от царских врат. В авг. 1915 г. при эвакуации церковного имущества икону вывезли из Вильны, к 2004 г. ее местонахождение неизвестно.