Образована решением Свящ. Синода от 5 мая 2015 г. в пределах Республики Бурятия. Включает Улан-Удэнскую и Северобайкальскую епархии.
Решением Свящ. Синода от 5 мая 2015 г. главой Бурятской митрополии назначен архиеп. Савватий (Антонов). 24 мая 2015 г. за Божественной литургией в Храме Христа Спасителя г. Москвы Святейшим Патриархом Кириллом (Гундяевым) архиеп. Савватий возведен в сан митрополита.
Решением Синода от 25 августа 2020 г. митр. Савватий назначен Преосвященным Чебоксарским и Чувашским, главой Чувашской митрополии, с освобождением от управления Улан-Удэнской епархией.
На том же заседании Синода главой Бурятской митрополии назначен митр. Иосиф (Балабанов).